علم بیوشیمی که بامولکول های حیاتی انسان در حالت سلامت وبیماری سروکار دارد حقیقتاً انسان را به شناخت عظمت پروردگار وامی دارد

اخبار
نمرات دانشجویان در تمامی مقاطع
دوشنبه, 12 تیر 1396
اطلاعیه آموزشی جهت مشاهده نمرات از سایت گروه بیوشیمی دانشجویان گرامی لطفا جهت مشاهده نمراتی که عنوان... ادامه مطلب...
IMAGE
تقدیر از اعضای گروه در دهمین جشنواره شهید مطهری
شنبه, 23 ارديبهشت 1396
    در دهمین جشنواره شهید مطهری از آقایان دکتر هاشمی و پریزاده و سوختانلو تقدیر شد آقای دکتر هاشمی به... ادامه مطلب...
IMAGE
انتخاب گروه بیوشیمی به عنوان گروه برگزیده
چهارشنبه, 13 ارديبهشت 1396
  گروه بیوشیمی بالینی دانشکده پزشکی دردهمین جشنواره شهید مطهری به عنوان گروه برگزیده علوم پایه از نظر... ادامه مطلب...
سمینارها
سمینار روز 18 خرداد 1396
سه شنبه, 09 خرداد 1396
عنوان سمینار        نقش اگزوزومها در متاستاز سرطان تاریخ ارایه    18 خرداد 1396 ارایه کننده    آقای محمد... ادامه مطلب...
سمینار روز پنجشنبه 28 اردیبهشت 96
پنج شنبه, 28 ارديبهشت 1396
    ارایه دهنده   موضوع   آقای جلیلی   نقشهای زیستی محصولات پروتئینی ژن Clotho   آقای عبداحد   مکانیسم ایجاد... ادامه مطلب...
برنامه سمینار روز 23 اردیبهشت 1396
دوشنبه, 18 ارديبهشت 1396
  قابل توجه همکاران گرامی و دانشجویان ارجمند با سلام و احترام به اطلاع می رساند که روز شنبه 23/02/96 ساعت 8:30... ادامه مطلب...
  پیام مدیر گروه  

  به نام خدا و با سلام و عرض احترام

  به گروه بیوشیمی بالینی دانشکده پزشکی مشهد ، یکی از قدیمی ترین گروه های این دانشکده ، خوش آمدید !

برای اینجانب به عنوان مدیر گروه بیوشیمی باعث افتخار است که با همکاری جمعی از بهترین اساتید جوان رشته بیوشیمی بالینی بتوانیم در خدمت برنامه های آموزشی و پژوهشی دانشکده پزشکی مشهد باشیم. تلاش ما بر آن است تا بتوانیم با استفاده از ظرفیت های موجود و تجربیات علمی اساتید گروه که در دوران تحصیل خود در بهترین دانشگاه های جهان اندوخته اند ، گامی بزرگ در جهت ارتقاء سطح خدمات گروه بیوشیمی در تمامی ابعاد آموزشی ، پژوهشی و ارائه خدمات آزمایشگاهی تشخیصی برداریم...ادامه مطلب


 

طرح دوره بیوانفورماتیک

 موضوع تدريس: بیوانفورماتیک                                                                                             مدت تدريس: 25 جلسه

پيش نياز:  آشنایی با مبانی کامپیوتر، بیولوژی ملکولی و ساختار پروتئینها، اصول اولیه آمار

 محل اجرا: دانشکده پزشکی

گروه هدف:  دانشجویان دکتری بیوشیمی پزشکی                                                                         مقطع: دکتری تخصصی

تعداد واحد: 2                                                                                                               نوع واحد: نظری و عملی

نیمسال دوم .سال تحصیلی                                                                                                 گروه مدرسين: دکتر مشکانی

 

 

هدف کلي: آشنایی دانشجویان با ابزارهای بیوانفورماتیکی لازم برای شبیه سازی و تحلیل نتایج آزمایشات بیوشیمیایی، سلولی، بیولوژی ملکولی، ساختار و تعاملات پروتئینی،

 

اهداف اختصاصي:

دانشجو پس از پايان دوره بايد بتواند:

 اطلاعات مورد نیاز خود را در بانکهای اطلاعاتی بیابد و آنها را تفسیر نماید.

نتایج توالی یابی DNA را تحلیل و تفسیر نماید.

درخت فیلوژنی را رسم نموده و تفسیر نماید.

پرایمر مناسب برای تکثیر و توالی یابی قطعات DNA طراحی نماید.

کلونینگ و بیان صحیح قطعات DNA را شبیه سازی نماید.

ساختار سوم پروتئینها را مدلسازی نماید و تاثیرات احتمالی موتاسیونها بر ساختار پروتئین را توضیح دهد.

برهمکنش پروتئینها با ملکولهای کوچک را مدلسازی و نتایج آن را تفسیر نماید.

داده های مربوط به کینتیک آنزیمی، مهار یا تحریک رشد سلولی را تحلیل نموده و گرافهای مناسب برای آنها رسم نماید.

نتایج الکتروفورز DNA، پروتئینها و وسترن بلاتینگ را کمی سازی نموده، وزن ملکولی باندها را محاسبه و شدت باندها را با همدیگر مقایسه نماید.

 

 

محتوا و ترتيب ارائه:

(عناوين و رئوس مطالبي که بايد آموزش داده شود تا به اهداف دوره نائل شد. شامل: مطالب تئوري،‌ مهارتهاي عملي و ...)

جلسه

موضوع جلسه

مجريان

1

مقدمات بیوانفورماتیک و بانکهای اطلاعاتی مرتبط

دکتر مشکانی

2

ثبت ژن و بازیابی اطلاعات از بانکهای اطلاعاتی

دکتر مشکانی

3

بازیابی اطلاعات از بانکهای اطلاعاتی

دکتر مشکانی

4

مقایسه توالی و رسم درخت فیلوژنی

دکتر مشکانی

5

بررسی نتایج توالی یابی DNA

دکتر مشکانی

6

تهیه درخت فیلوژنیک

دکتر مشکانی

7

طراحی پرایمر و Primer BLAST

دکتر مشکانی

8

طراحی پرایمر و بررسی ویژگیهای آن

دکتر مشکانی

9

شبیه سازی واکنش و الکتروفورز محصولات PCR

دکتر مشکانی

10

شبیه سازی کلونینگ قطعات DNA

دکتر مشکانی

11

تهیه نقشه هضم آنزیمی DNA

دکتر مشکانی

12

شبیه سازی کلونینگ و بیان پروتئین

دکتر مشکانی

13

روشهای آزمایشگاهی تعیین ساختارهای پروتئین

دکتر مشکانی

14

مدلسازی ساختارهای پروتئین

دکتر مشکانی

15

همولوژی مدلینگ ساختار سوم بخش کیناز داخل سلولی پروتئین FMS  با استفاده از SwissModel

دکتر مشکانی

16

همولوژی مدلینگ ساختار سوم بخش کیناز داخل سلولی پروتئین FMS  با استفاده از Discovery Studio

دکتر مشکانی

17

داکینگ ملکولی

دکتر مشکانی

18

داکینگ ملکولی  با استفاده از Autodock

دکتر مشکانی

19

ارزشیابی داکینگ ملکولی با استفاده از AutoDock Vina

دکتر مشکانی

20

داکینگ ملکولی با استفاده از CDOCKER

دکتر مشکانی

21

رسم منحنی استاندارد و تحلیل داده ها با استفاده از Graphpad Prism

دکتر مشکانی

22

تحلیل آماری داده ها با استفاده از Graphpad Prism

دکتر مشکانی

23

کمی سازی و تحلیل نتایج الکتروفورز و وسترن بلات

دکتر مشکانی

24

مرور مباحث و رفع اشکال

دکتر مشکانی

 

 

 


روش تدريس:

سخنراني در مورد مبانی تئوریک مبحث

بحث، پرسش و پاسخ،

نمايش عملي نحوه انجام کار در جلسات عملی (عمدتا از Tuitorial  هر نرم افزار استفاده خواهد شد)

طرح یک مسئله جدید در هر جلسه عملی و کمک به دانشجویان تا با روش توضیح داده شده در Tutorial  آن را حل کنند.

 

وظايف و تکاليف دانشجو:

توجه به مطالب توضیح داده شده در سخنرانی و شرکت در مباحثات

انجام مراحل کار عملی درخواست شده و آماده سازی گزارش کار

روش سنجش دانشجو:

آزمون تشریحی از مبانی نظری، بررسی گزارش های کار جلسات عملی، آزمون عملی به صورت حل چند مسئله عملی و ارایه گزارش کار

منابع مطالعه:

  1. Essential Bioinformatics, Jin Xiong, Cambridge University Press, 2006
  2. PubMed Help: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK3827/
  3. Human T-lymphotropic virus type 1 prevalence in northeastern Iran, Sabzevar: an epidemiologic-based study and phylogenetic analysis. Azarpazhooh MR, Hasanpour K, Ghanbari M, Rezaee SA, Mashkani B, Hedayati-Moghaddam MR, Valizadeh N, Farid Hosseini R, Foroghipoor M, Soltanifar A, Sahebari M, Azadmanesh K, Hassanshahi G, Rafatpanah H. AIDS Res Hum Retroviruses. 2012 Sep;28(9):1095-1101. doi: 10.1089/AID.2011.0248. Epub 2012 Mar 19. PMID: 22229796
  4. Tutorial Instructions: http://www.geneious.com/tutorials 
  5. Homology Modelling of Superoxide Dismutase [Cu-Zn]: http://swissmodel.expasy.org/docs/examples
  6. Ye J, Coulouris G, Zaretskaya I, Cutcutache I, Rozen S, Madden T (2012). Primer-BLAST: A tool to design target-specific primers for polymerase chain reaction. BMC Bioinformatics. 13:134.
  7. Untergasser A, Cutcutache I, Koressaar T, Ye J, Faircloth BC, Remm M, Rozen SG (2012) Primer3 - new capabilities and interfaces. Nucleic Acids Research 40(15):e115
  8. Koressaar T, Remm M (2007) Enhancements and modifications of primer design program Primer3 Bioinformatics 23(10):1289-91
  9. Multi Gauge Ver2.0- Operation Manual:  https://uofa.ualberta.ca/biological-sciences/-/media/science/departments/biological-sciences/mbsu/fla-5000/mulitgauge20.pdf

GraphPad Prism User Guide: http://www.graphpad.com/guides/prism/6/user-guide/

 

 

  آزمایشگاه های آموزشی
 
  آزمایشگاه های تحقیقاتی
 
  آزمایشگاه بیوشیمی و هورمون بیمارستان قائم  
  آزمایشگاه بیوشیمی و هورمون بیمارستان امام رضا  
       
       
  دانشجویان PhD  ورودی 93  
  دانشجویان PhD  ورودی 94  
    کارشناسی ارشد ورودی 94  
   کارشناسی ارشد ورودی 95